Lors de la fin de la guerre froide et de la réunification des deux Allemagnes, la Bundeswehr se trouvait face à un dilemme. Le HK G11 et le HK G41 avaient été abandonnés et le G3 restait alors seul en service. Il s'agissait certes d'une arme performante mais sa munition de 7,62 mm OTAN ne correspondait pas au standard OTAN qui avait adopté le 5,56 mm. De plus, le G3 était lourd et encombrant. La nécessité d'une arme plus moderne s'imposait.

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L'armée allemande avait trois solutions : conserver le G3 malgré son obsolescence, adopter le AK-74 dont la défunte République démocratique allemande laissa d'importants stocks mais dont la munition (5,45 × 39 mm M74) n'était pas celle du standard de l'OTAN, ou développer une arme totalement nouvelle. C'est cette dernière solution qui fut retenue.

L'objectif était de concevoir un fusil moderne mais économiquement réaliste, la coûteuse saga du HK G11 ayant servi de leçon. De fait, le G36 emprunte énormément d'idées employées par divers concepteurs d'armes existantes : les chargeurs emboîtables sont repris de ceux du SIG-550 suisse et certains estiment que le garde-mainrappelle étrangement celui de l'ancestral FAL belge, dont s'inspirait semble-t-il déjà le G3. Quant au mécanisme interne, à peu de chose près, c'est celui de l'Armalite AR-18 américain.

Les versions compactes du G36 (KE et C) sont très appréciées des groupes d'interventions français notamment les RAID, GIPN, SPHP, ERIS, PI2G, PSPG. La Police nationale distribue aussi aux policiers des SRPJ des carabines de police HK G36 CV (ne pouvant tirer en rafale).

Suite aux attentats de novembre 2015 à Paris, les brigades anti-criminalité, les CRS, l'UMIP (Unité Mobile d'Intervention et de Protection), L'USOC (L'unité de soutien opérationnel de la capitale), la PAF, les pelotons de surveillance et d'intervention de la Gendarmerie et la Douane sont également équipés de HK G36 KP2 (BAC) et KA3 (PSIG).

L'administration pénitentiaire est également dotée de HK G36 V permettant un tir au coup par coup et en rafale de 2. Ils équipent les miradors des établissements pénitentiaires en France y compris dans les DOM-TOM.